Investigadores y Estudiantes (licenciatura y posgrado) en estancias de investigación en el Lab. de Morfometría.

11 diciembre, 2013

Mario Arteaga


Dr. Mario Arteaga Vázquez, web
Ared Mendoza Mejia
Adolfo Aguilar Cruz
Laboratorio de Epigenética y Biología del Desarrollo de la Universidad Veracruzana
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Proyecto UC-Mexus

COMPARATIVE GENOMICS OF SMALL RNA-BASED GENE SILENCING MECHANISMS IN LAND PLANTS

SUMMARY
Small RNAs have emerged as important regulators of gene expression that ensure the integrity and proper epigenetic regulation of the genome and play essential roles in numerous developmental programs, stress and signaling responses. Small RNAs act in a homology-dependent manner to guide transcriptional and posttranscriptional RNA silencing mechanisms through the activity of small RNA-protein complexes. RNA silencing mechanisms are conserved in plants, but there has been a dramatic diversification and specialization of the core components of the different RNA silencing modules that have generated diverse regulatory pathways through evolution. Experimental, paleontological, morphological, and molecular systematic data all point to the liverworts as being among the first plants to evolve and colonize the landscape. Liverworts are a key group to include in any comparative study aimed at understanding the origin and evolution of organisms and gene regulation. The aim of this proposal is to to study the evolution of gene families encoding core components of RNA silencing mechanisms in land plants by a combination of computational biology, comparative genomics and next generation sequencing approaches. We will use these tools to identify and phylogenetically characterize genes and small RNAs involved in RNA silencing mechanisms in Marchantia polymorpha, the best characterize liverwort.

RESUMEN
Los RNAs pequeños son reguladores importantes de la expresión genética que aseguran la integridad del genoma y juegan un papel esencial durante el desarrollo, las respuestas a estrés y señalización. Los RNAs pequeños dirigen mecanismos transcripcionales y post-transcripcionales de silenciamiento de RNA, de una manera dependiente de homología, a través de complejos de RNA-proteínas. Estos mecanismos se encuentran conservados en las plantas, sin embargo ha ocurrido una dramática diversificación y especialización de los componentes centrales de los diferentes módulos de silencimiento que ha generado diversas rutas reguladoras a través de la evolución. Evidencia experimental muestra que las hepáticas pertenecen al grupo de plantas que primero evolucionaron para colonizar los ambientes terrestres y representan un grupo clave para realizar estudios comparativos enfocados en entender el origen y evolución de los organismos y la regulación genética. El objetivo de esta propuesta es estudiar la evolución de las familias de genes que codifican componentes centrales de la maquinaria de silenciamiento en las plantas terrestres, mediante el empleo de estrategias de biología computacional, genómica comparativa y de secuenciación masiva. Estas herramientas nos permitiran identifcar y caracterizar filogenéticamente los genes y los RNAs pequeños en la planta Marchantia polymorpha, la hepática mejor caracterizada.
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